生物顯微鏡除目前推崇的冰凍超薄切片法外，在這里再介紹一種科學家們用過的沉積技術。在進行分析前加入一種物質，使之與待分析的成份形成沉積物以固定它，然后分析該沉積物。例如，人們常用草酸鹽與焦銻酸鹽去沉積肌細胞中的ca。前者對胞漿中低濃度的ca敏感性不夠高；焦銻吱鹽的敏感性高些，可與腦漿中游離ca形成電子致密的沉積物，但焦銻酸鹽與鈉、錳、鋇、鐵也形成沉積物，特異性較差。標本制備過程類似于普通透射電鏡超薄切片標本的制備，不同之處在于固定前3%焦銻酸鉀固定6小時，在染色的肌肉超薄切片上，在每個肌節(jié)的A帶和2帶的中線可見黑色沉淀物、再用未染色的切片做X射線微區(qū)分析。曾用二氨基聯(lián)苯胺四鹽酸去沉淀含血紅素的物質等等。這種組化的沉淀反應與x射線微區(qū)分橋聯(lián)合應用在不具備冰凍超薄切片條件的實驗室可考慮采用。根據(jù)待分析元素的峰高可做半定量。

理論上，任何光學系統(tǒng)都不能生成理想的像，因為客觀條件下，各類像差的存在影響了生物顯微鏡的成像質量。除了像差之外，還有一些生物顯微鏡自身存在的因素影響生物顯微鏡的成像質量。主要有如下幾點：

①在使用顯微鏡時，被檢物體做的比較標準很重要。如：切片厚度是否太厚，蓋玻片是否符合標準等。

②物鏡按檔次可分為6～8個檔，常用的為平場消色差物鏡。如鏡頭檔次太低，則成像質量會下降。因此，建議選擇平場以上檔次物鏡。

③聚光鏡孔徑光欄盡量和物鏡的數(shù)值孔徑相符，才能得到理想的圖像分辨率。

④調焦系統(tǒng)作為機械部分的重要部件，調焦精度也非常重要。對于生物學初學者或剛接觸生物顯微鏡的操作者，熟練使用調焦系統(tǒng)，能快速找到圖像并聚焦，提高工作效率。

⑤載物臺在觀察切片時，常做X、Y軸的移動。如：雙層機械移動臺，精度和穩(wěn)定性較好，能在觀察顯微圖像時提供好的成像質量。

⑥非球面聚光鏡能提供非常均勻的照明光線，所觀察到的顯微圖像襯度。

⑦視場光欄應根據(jù)觀察不同的被檢物體和物鏡倍率開啟到合適的位置，如開得過大或過小顯微圖像的視場亮度會受到影響。

⑧照明系統(tǒng)如采用溫度低，色溫較高的照明裝置，生物顯微鏡觀察到的是分辨率和銳利度較高的顯微圖像。