兩者在工作原理及應用方面存在不同。分述如下：
　　一、熒光顯微鏡
　　1、熒光顯微鏡是以紫外線為光源， 用以照射被檢物體， 使之發(fā)出熒光， 然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。熒光顯微鏡用于研究細胞內(nèi)物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。 細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發(fā)熒光；另有一些物質本身雖不能發(fā)熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經(jīng)紫外線照射亦可發(fā)熒光，熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。
　　2、熒光顯微鏡原理：
　　(A) 光源：光源輻射出各種波長的光(以紫外至紅外)。
　　(B) 激 勵濾光源：透過能使標本產(chǎn)生螢光的特定波長的光，同時阻擋對激發(fā)螢光無用的光。
　　(C) 熒光標本：一般用熒光色素染色。
　　(D) 阻擋濾光鏡：阻擋掉沒有被標本吸收的激發(fā)光有選擇地透射熒光，在熒光中也有部分波長被選擇透過。 　以紫外線為光源，使被照射的物體發(fā)出熒光的顯微鏡。電子顯微鏡是在1931年在德國柏林由克諾爾和哈羅斯卡首先裝配完成的。這種顯微鏡用高速電子束代替光束。由于電子流的波長比光波短得多，所以電子顯微鏡的放大倍數(shù)可達80萬倍，分辨的*小極限達0.2納米。1963年開始使用的掃描電子顯微鏡更可使人看到物體表面的微小結構。
　　3、應用范圍：用來放大微小物體的圖像。一般應用于對生物、醫(yī)藥、微觀粒子等觀測。
　　二、共焦顯微鏡
　　1、共焦顯微鏡在反射光的光路上加上了一塊半反半透鏡，將已經(jīng)通過透鏡的反射光折向其它方向，在其焦點上有一個帶有針孔的擋板，小孔就位于焦點處，擋板后面是一個 光電倍增管。可以想像，探測光焦點前后的反射光通過這一套共焦系統(tǒng)，必不能聚焦到小孔上，會被擋板擋住。于是光度計測量的就是焦點處的反射光強度。
　　2、原理：傳統(tǒng)的光學顯微鏡使用的是場光源，標本上每一點的圖像都會受到鄰近點的衍射或散射光的干擾；激光掃描共聚焦顯微鏡利用激光束經(jīng)照明針孔形成點光源對標本內(nèi)焦平面的每一點掃描，標本上的被照射點，在探測針孔處成像，由探測針孔后的光電倍增管（PMT）或冷電耦器件（cCCD）逐點或逐線接收，迅速在計算機監(jiān)視器屏幕上形成熒光圖像。照明針孔與探測針孔相對于物鏡焦平面是共軛的，焦平面上的點同時聚焦于照明針孔和發(fā)射針孔，焦平面以外的點不會在探測針孔處成像，這樣得到的共聚焦圖像是標本的光學橫斷面，克服了普通顯微鏡圖像模糊的缺點。
　　3、應用領域：　涉及醫(yī)學、動植物科研、生物化學、細菌學、細胞生物學、組織胚胎、食品科學、遺傳、藥理、生理、光學、病理、植物學、神經(jīng)科學、海洋生物學、材料學、電子科學、力學、石油地質學、礦產(chǎn)學。